Khấu trừ thuế là gì? Sai ở đâu, doanh nghiệp mất tiền ở đó

Khấu trừ thuế ảnh hưởng trực tiếp đến số tiền thuế phải nộp của cá nhân và doanh nghiệp. Tuy vậy, không phải ai cũng hiểu rõ khấu trừ thuế là gì, vì sao cần thực hiện và trường hợp nào được áp dụng.

Khấu trừ thuế là gì?

Khấu trừ thuế là việc trừ đi một khoản thuế đã nộp hoặc phải nộp khỏi số thuế phải đóng, nhằm tránh tình trạng đánh thuế hai lần và đảm bảo tính công bằng trong hệ thống thuế.

Đối với thuế giá trị gia tăng, khấu trừ thuế là phương pháp xác định số thuế GTGT phải nộp vào ngân sách nhà nước bằng cách lấy thuế GTGT đầu ra trừ đi thuế GTGT đầu vào được khấu trừ. Theo Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, thuế GTGT là loại thuế tính trên giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ phát sinh trong quá trình từ sản xuất, lưu thông đến tiêu dùng.

Khi doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh, doanh nghiệp chịu thuế GTGT đầu vào. Khi bán hàng hóa, dịch vụ, thuế GTGT đầu ra được tính trên giá trị bán ra. Số thuế GTGT phải nộp được xác định dựa trên phần chênh lệch giữa thuế đầu ra và thuế đầu vào đủ điều kiện khấu trừ. Thuế GTGT là loại thuế đánh vào người tiêu dùng cuối cùng. Vì vậy, cơ chế khấu trừ thuế được áp dụng nhằm tránh một hàng hóa, dịch vụ bị tính thuế nhiều lần trong các khâu sản xuất, lưu thông và tiêu dùng.

• Khấu trừ thuế giúp doanh nghiệp xác định số thuế cần nộp theo từng khâu, từng chủ thể trong quá trình lưu thông, trao đổi hàng hóa, giảm rủi ro thất thu thuế đến mức tối thiểu.
• Đảm bảo bản chất của thuế GTGT.
• Hoạt động khấu trừ thuế có khả năng đơn giản hóa quá trình quản lý thuế và thu thuế; nguồn thuế ổn định thường được dùng để điều tiết thu nhập của người tiêu dùng.
• Ngoài ra, việc khấu trừ thuế tác động trực tiếp đến công tác kế toán của mỗi doanh nghiệp đang hoạt động tại Việt Nam, đảm bảo quy trình hạch toán theo chuẩn mực pháp luật.

Các loại khấu trừ thuế phổ biến

Trong quá trình hoạt động, doanh nghiệp thường gặp ba nhóm khấu trừ thuế phổ biến: khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT), khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN) và khấu trừ thuế doanh nghiệp. Mỗi loại khấu trừ có cách áp dụng khác nhau, tùy thuộc vào bản chất giao dịch, đối tượng chịu thuế và hồ sơ chứng từ liên quan.

Khấu trừ thuế GTGT

Doanh nghiệp được trừ thuế GTGT đầu vào khỏi thuế GTGT đầu ra. Nếu thuế GTGT đầu vào lớn hơn thuế GTGT đầu ra, số thuế chưa khấu trừ hết được chuyển sang kỳ sau hoặc được hoàn thuế khi đáp ứng điều kiện hoàn thuế theo quy định.

Số thuế GTGT phải nộp = Thuế GTGT đầu ra – Thuế GTGT đầu vào.

Khấu trừ thuế thu nhập cá nhân (TNCN)

Tổ chức hoặc cá nhân trả thu nhập giữ lại một phần thuế tính trên thu nhập chịu thuế trước khi thanh toán cho người nhận thu nhập.

Các khoản thu nhập thường áp dụng khấu trừ thuế TNCN gồm:

• Tiền lương, tiền công.
• Thu nhập từ hoạt động đầu tư, cổ tức, lãi suất.
• Thu nhập từ trúng thưởng, bản quyền, chuyển nhượng bất động sản hoặc chứng khoán.

Người lao động ký hợp đồng lao động từ 03 tháng trở lên: thuế được khấu trừ theo Biểu thuế lũy tiến từng phần, sau khi đã tính giảm trừ gia cảnh và các khoản bảo hiểm bắt buộc.

Người lao động không ký hợp đồng lao động hoặc ký hợp đồng lao động dưới 03 tháng: nếu có thu nhập từ 2.000.000 đồng/lần trở lên, doanh nghiệp khấu trừ 10% trên tổng thu nhập trước khi chi trả, trừ trường hợp đủ điều kiện làm cam kết theo quy định.

Người lao động có thể yêu cầu doanh nghiệp cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN để tự quyết toán thuế cuối năm hoặc hoàn thuế nếu bị khấu trừ thừa. Việc sử dụng chứng từ khấu trừ thuế điện tử giúp tra cứu, đối chiếu chéo thông tin dễ dàng hơn.

Công thức tính: Thu nhập tính thuế = Thu nhập chịu thuế – Các khoản giảm trừ.

Khấu trừ thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

Doanh nghiệp được trừ các khoản chi phí hợp lý, hợp lệ trước khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp, gồm:

• Chi phí sản xuất, kinh doanh hợp lý.
• Chi phí khấu hao tài sản cố định.
• Các khoản lỗ được chuyển sang kỳ sau.
• Các khoản ưu đãi thuế theo quy định pháp luật.

Công thức tính: Thu nhập chịu thuế = Doanh thu – Chi phí được trừ + Thu nhập khác.

Khấu trừ thuế tại nguồn

• Tổ chức tại Việt Nam khấu trừ, kê khai và nộp thay thuế đối với một số khoản chi trả cho tổ chức, cá nhân nước ngoài.
• Tổ chức quản lý nền tảng số, sàn thương mại điện tử thực hiện khấu trừ, nộp thay trong một số trường hợp theo quy định.

Theo Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, khấu trừ áp dụng đối với một số trường hợp tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụ để tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí và khai thác dầu khí do bên Việt Nam kê khai, khấu trừ, nộp thay.

Điều kiện để được khấu trừ thuế

Không phải tất cả các khoản chi phí hay thu nhập đều được khấu trừ thuế. Để được khấu trừ, cần đáp ứng các điều kiện sau:

Đối với thuế GTGT

• Có hóa đơn GTGT hoặc chứng từ nộp thuế hợp pháp, hợp lệ.
• Hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với giao dịch từ 05 triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp đặc thù theo quy định.

Căn cứ tại Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, được hướng dẫn bởi Nghị định số 181/2025/NĐ-CP, doanh nghiệp được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi đáp ứng điều kiện về hóa đơn, chứng từ và thanh toán theo quy định. Luật số 48/2024/QH15 có hiệu lực từ ngày 01/7/2025; Nghị định số 181/2025/NĐ-CP cũng có hiệu lực từ ngày 01/7/2025.

Ngoài ra, Nghị định số 144/2026/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số quy định của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP về thuế GTGT và có hiệu lực từ ngày 20/6/2026.

Đối với thuế TNCN

• Các khoản giảm trừ phải được quy định trong luật thuế.
• Có đầy đủ giấy tờ chứng minh theo yêu cầu.
• Các khoản giảm trừ phổ biến gồm giảm trừ gia cảnh cho bản thân và người phụ thuộc; các khoản đóng bảo hiểm xã hội, bảo hiểm y tế, bảo hiểm thất nghiệp; các khoản đóng góp từ thiện, nhân đạo, khuyến học theo quy định.

Đối với thuế TNDN

• Chi phí phải phục vụ cho hoạt động kinh doanh.
• Có hóa đơn, chứng từ hợp lệ.
• Không thuộc danh mục chi phí không được trừ theo quy định pháp luật.

Những lưu ý quan trọng về khấu trừ thuế

• Đảm bảo hồ sơ, chứng từ đầy đủ để tránh bị loại trừ khi cơ quan thuế kiểm tra.
• Luôn cập nhật các quy định pháp luật mới nhất về thuế để áp dụng đúng và tối ưu hóa số thuế phải nộp.
• Tận dụng tối đa các chính sách giảm trừ hợp pháp để tiết kiệm chi phí thuế.

Lợi ích của khấu trừ thuế

• Giảm bớt số tiền thuế phải nộp.
• Tăng thu nhập ròng cho cá nhân và doanh nghiệp.
• Khuyến khích các hoạt động kinh tế và xã hội có lợi.
• Tạo sự công bằng trong việc nộp thuế.
• Giúp Nhà nước thu thuế kịp thời và tránh tính thuế trùng lặp.
• Giúp đơn giản hóa thủ tục thu thuế, giảm thiểu gian lận và đảm bảo người lao động nộp thuế đúng hạn.

Trường hợp không được khấu trừ thuế

Một số trường hợp không được khấu trừ thuế gồm:

• Hàng hóa, dịch vụ mua vào không phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế.
• Không có hóa đơn, chứng từ hợp pháp.
• Không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt trong trường hợp pháp luật yêu cầu.
• Hóa đơn, chứng từ được lập từ các hành vi bị nghiêm cấm như mua bán hóa đơn, lập hóa đơn không đúng quy định, giao dịch không có thật.
• Không hạch toán riêng được thuế GTGT đầu vào dùng cho hoạt động chịu thuế và không chịu thuế theo quy định.
• Chi phí không liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp.
• Chi phí thuộc danh mục không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN.
• Khoản giảm trừ thuế TNCN không có hồ sơ chứng minh hợp lệ.

Theo Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, cơ sở kinh doanh không đáp ứng quy định về khấu trừ thuế tại Điều 14 hoặc sử dụng hóa đơn, chứng từ được lập từ các hành vi bị nghiêm cấm thì không được khấu trừ thuế GTGT.
Giao dịch bao nhiêu tiền thì cần chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế?

Từ ngày 01/7/2025, hàng hóa, dịch vụ mua vào có giá trị từ 05 triệu đồng trở lên, đã bao gồm thuế GTGT, phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt để được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định.

Câu hỏi thường gặp về khấu trừ thuế

Người lao động không ký hợp đồng lao động có bị khấu trừ thuế không?

Có. Người lao động không ký hợp đồng lao động, nếu được chi trả tiền công, tiền thù lao hoặc khoản chi khác từ 2.000.000 đồng/lần trở lên, thì bên chi trả phải khấu trừ 10% thuế TNCN trước khi thanh toán, trừ trường hợp người lao động đủ điều kiện làm cam kết tạm thời chưa khấu trừ thuế.

Khấu trừ thuế và giảm trừ thuế khác nhau thế nào?

Khấu trừ thuế là việc trừ số thuế đã nộp, số thuế đầu vào hoặc số thuế phải khấu trừ vào số thuế phải nộp. Ví dụ: doanh nghiệp lấy thuế GTGT đầu ra trừ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ để xác định số thuế GTGT phải nộp. Giảm trừ thuế thường là việc trừ một khoản khỏi thu nhập chịu thuế hoặc thu nhập tính thuế trước khi tính ra số thuế phải nộp. Ví dụ: giảm trừ gia cảnh khi tính thuế TNCN. Nói cách khác khấu trừ thuế là trừ vào số thuế, còn giảm trừ thuế là trừ vào căn cứ tính thuế hoặc thu nhập tính thuế.

Khấu trừ thuế và miễn thuế khác nhau ra sao?

Khấu trừ thuế là cơ chế bù trừ, trừ một khoản thuế hợp lệ vào số thuế phải nộp. Miễn thuế là trường hợp cá nhân, tổ chức không phải nộp thuế đối với một khoản thu nhập, hàng hóa, dịch vụ hoặc trường hợp cụ thể theo quy định pháp luật. Khấu trừ thuế vẫn có nghĩa vụ tính thuế nhưng được trừ một phần, còn miễn thuế là không phải nộp thuế đối với phần được miễn.

Khấu trừ thuế nhà thầu nước ngoài là gì?

Khấu trừ thuế nhà thầu nước ngoài là việc bên Việt Nam khấu trừ, kê khai và nộp thay nghĩa vụ thuế cho tổ chức, cá nhân nước ngoài có hoạt động kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam trên cơ sở hợp đồng, thỏa thuận hoặc cam kết với tổ chức, cá nhân Việt Nam. Thuế nhà thầu thường liên quan đến thuế GTGT và thuế TNDN đối với tổ chức nước ngoài, hoặc thuế GTGT và thuế TNCN đối với cá nhân nước ngoài, tùy từng trường hợp cụ thể.

Hồ sơ, chứng từ cần chuẩn bị để được khấu trừ thuế gồm những gì?

Đối với thuế GTGT, hồ sơ, chứng từ thường gồm:

• Hóa đơn GTGT mua hàng hóa, dịch vụ hợp pháp.
• Chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, nếu có.
• Chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài, nếu thuộc trường hợp phải nộp thay.
• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với giao dịch thuộc diện bắt buộc.
• Hợp đồng, hóa đơn, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán, vận đơn, phiếu đóng gói, chứng từ bảo hiểm hàng hóa nếu là hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.

Đối với thuế TNCN, cần có bảng lương, chứng từ chi trả thu nhập, chứng từ khấu trừ thuế TNCN, hồ sơ giảm trừ gia cảnh và các chứng từ liên quan đến bảo hiểm, đóng góp từ thiện, nhân đạo, khuyến học nếu có. Còn với thuế TNDN, cần có hóa đơn, chứng từ hợp pháp, hợp đồng, chứng từ thanh toán và tài liệu chứng minh khoản chi liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Hộ kinh doanh có được khấu trừ thuế GTGT không?

Thông thường, hộ kinh doanh không được áp dụng phương pháp khấu trừ thuế GTGT như doanh nghiệp. Theo Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15, phương pháp khấu trừ áp dụng cho cơ sở kinh doanh đáp ứng điều kiện nhưng loại trừ hộ, cá nhân sản xuất thuộc diện áp dụng phương pháp tính trực tiếp theo doanh thu hoặc phương pháp khoán tùy trường hợp.

Dịch vụ kế toán có hỗ trợ kê khai khấu trừ thuế không?

Có. Dịch vụ kế toán tại Pháp Lý Trí Nguyên có hỗ trợ kê khai khấu trừ thuế cho doanh nghiệp, rà soát hóa đơn đầu vào đầu ra, xác định số thuế được khấu trừ, lập tờ khai thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ đồng thời tư vấn cách sắp xếp hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán để hạn chế rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra.

Cá nhân có được làm cam kết để không bị khấu trừ 10% không?

Có. Cá nhân chỉ có duy nhất thu nhập thuộc diện khấu trừ 10%, đã có mã số thuế và ước tính tổng thu nhập sau giảm trừ gia cảnh chưa đến mức phải nộp thuế, được làm cam kết gửi bên chi trả để tạm thời chưa bị khấu trừ thuế TNCN. Cơ quan thuế hướng dẫn sử dụng mẫu 08/CK-TNCN ban hành theo Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Khấu trừ thuế là một công cụ quan trọng giúp cá nhân và doanh nghiệp tối ưu hóa nghĩa vụ thuế. Hiểu rõ các quy định và áp dụng đúng cách sẽ giúp người nộp thuế tận dụng tối đa lợi ích từ khấu trừ thuế, đồng thời tuân thủ pháp luật một cách nghiêm chỉnh.