Hồ sơ, thủ tục kê khai thuế ban đầu cho doanh nghiệp mới thành lập năm 2025

Kê khai thuế chính là bước tiếp theo khi sau đã hoàn tất thủ tục thành lập doanh nghiệp. Theo đó doanh nghiệp cần kê khai thuế ban đầu tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Đây là quy định bắt buộc, việc kê khai thuế ban đầu không chỉ là thủ tục hành chính thông thường mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến việc sử dụng hóa đơn, nộp thuế GTGT, thuế TNDN và các loại thuế khác. Bài viết dưới đây Pháp Lý Trí Nguyên sẽ hướng dẫn chi tiết từng bước kê khai thuế ban đầu và các lưu ý vô cùng quan trọng mà doanh nghiệp không thể bỏ qua.

I: Công việc cần làm trước khi nộp hồ sơ kê khai thuế ban đầu 

Trước khi thực hiện kê khai thuế, doanh nghiệp cần đảm bảo một số công việc trước đó đã hoàn thành, để đảm bảo hồ sơ kê khai thuế được tiếp nhận nhanh và đúng quy định:

• Hoàn tất thủ tục đăng ký doanh nghiệp: Đảm bảo doanh nghiệp đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp, có mã số thuế hợp lệ, và con dấu công ty.
• Đăng ký tài khoản ngân hàng: Tài khoản ngân hàng được sử dụng để giao dịch thuế điện tử, nộp thuế và nhận hoàn thuế. Vì vậy sau khi mở tài khoản cần thông báo tài khoản qua cổng thông tin quốc gia.

Kê khai thông tin tài khoản trong hồ sơ thuế ban đầu

• Chuẩn bị chữ ký số: Doanh nghiệp có thể mua chữ ký số từ các nhà cung cấp được Tổng cục Thuế chấp nhận như FPT, Viettel, VNPT……
• Đăng ký tài khoản giao dịch thuế điện tử: Sau khi có chữ ký số, doanh nghiệp tiến hành đăng ký tài khoản giao dịch thuế qua công Thuế điện tử của Tổng cục Thuế. Bước này giúp doanh nghiệp thực hiện nộp hồ sơ và kê khai online được thuận tiện hơn.
• Treo bang hiệu tại trụ sở công ty: Bảng hiệu phải ghi rõ đầy đủ thông tin như tên công ty, mã số thuế công ty, địa chỉ trụ sở chính.

II: Hồ sơ kê khai thuế ban đầu

Hồ sơ kế khai thuế ban đầu cho doanh nghiệp mới thành lập bao gồm:

• Quyết định bổ nhiệm giám đốc
• Quyết định bổ nhiệm kế toán trường
• Mẫu đăng ký phương pháp khấu hao tài sản
• Tờ khai đăng ký hình thức kế toán và sử dụng hóa đơn
• Bản sao giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp 
• Bản sao CCCD/ CMND/ Hộ chiếu của người đại diện pháp luật của công ty
• Phiếu đăng ký trao đổi thông tin doanh nghiệp
• Giấy ủy quyền (nếu ủy quyền cho cá nhân nộp hồ sơ) 

Lưu ý:

Đối với doanh nghiệp mới thành lập, hiện tại không cần nộp riêng mẫu 06/GTGT để đăng ký phương pháp khấu trừ thuế GTGT, phương pháp tính thuế GTGT sẽ được doanh nghiệp tự xác định trên tờ khai thuế GTGT đầu tiên.

III: Các loại thuế cần kê khai và thời hạn nộp

Để tránh bị xử phạt hành chính, ngoài việc phải kê khai thuế ban đầu, doanh nghiệp cần phải nắm rõ các loại thuế mà doanh nghiệp sẽ phải nộp. Dưới đây là các loại thuế cơ bản và quan trọng nhất đối với doanh nghiệp: 

1. Lệ phí môn bài

• Đối tượng áp dụng: Tất cả doanh nghiệp.
  • Lưu ý đặc biệt: Công ty mới thành lập năm 2025 được miễn lệ phí môn bài cho năm 2025.
• Hồ sơ / Biểu mẫu: Tờ khai lệ phí môn bài (Mẫu 01/LPMB).
• Thời hạn kê khai / nộp tiền:
  • Kê khai tờ khai: Chậm nhất là ngày 30 tháng 01 của năm tiếp theo năm thành lập.
  • Nộp tiền: Chậm nhất là ngày 30 tháng 01 của năm tiếp theo năm thành lập. (Nếu không có thay đổi vốn, bạn không cần nộp lại tờ khai cho các năm sau, chỉ cần nộp tiền đúng hạn).

2. Thuế Giá trị gia tăng (GTGT)

• Đối tượng áp dụng: Doanh nghiệp có hoạt động kinh doanh hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.
• Hồ sơ / Biểu mẫu: Tờ khai thuế GTGT (Mẫu 01/GTGT cho phương pháp khấu trừ hoặc Mẫu 04/GTGT cho phương pháp trực tiếp).
• Thời hạn kê khai / nộp tiền:
  • Theo quý: Đối với doanh nghiệp mới thành lập, kê khai theo quý. Hạn nộp là chậm nhất ngày cuối cùng của tháng đầu của quý tiếp theo quý phát sinh.
  • Theo tháng: Nếu doanh nghiệp có doanh thu chịu thuế GTGT trên 50 tỷ đồng của năm trước liền kề, phải kê khai theo tháng. Hạn nộp là chậm nhất ngày 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh.

3. Thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

• Đối tượng áp dụng: Doanh nghiệp có phát sinh doanh thu, chi phí hoặc lợi nhuận từ hoạt động sản xuất kinh doanh.
• Hồ sơ / Biểu mẫu: Tờ khai Quyết toán thuế TNDN (Mẫu 03/TNDN).
• Thời hạn kê khai / nộp tiền:
  • Tạm nộp theo quý: Chậm nhất là ngày 30 của tháng đầu quý sau. (Doanh nghiệp chỉ cần nộp tiền tạm tính, không nộp tờ khai quý).
  • Quyết toán năm: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính.

4. Thuế Thu nhập cá nhân (TNCN)

• Đối tượng áp dụng: Doanh nghiệp có chi trả thu nhập (tiền lương, tiền công,…) cho người lao động và có nghĩa vụ khấu trừ thuế TNCN.
• Hồ sơ / Biểu mẫu: Tờ khai khấu trừ thuế TNCN (Mẫu 05/KK-TNCN) và đăng ký mã số thuế cá nhân cho người lao động (nếu chưa có).
• Thời hạn kê khai / nộp tiền:
  • Theo quý: Đối với doanh nghiệp mới thành lập, kê khai theo quý. Hạn nộp là chậm nhất ngày 30 của tháng đầu quý sau.
  • Theo tháng: Nếu doanh nghiệp có số thuế TNCN khấu trừ lớn (trên 50 triệu đồng/tháng), phải kê khai theo tháng. Hạn nộp là chậm nhất ngày 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh.
  • Quyết toán năm: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 3 kể từ ngày kết thúc năm dương lịch hoặc năm tài chính.

IV: Hướng dẫn nộp hồ sơ và kê khai thuế điện tử 

Sau khi chuẩn bị đầy đủ hồ sơ kê khai thuế ban đầu, doanh nghiệp cần nộp hồ sơ và kê khai thuế đúng phương pháp, đúng quy định của cơ quan thuế. Hiện nay, việc kê khai thuế và nộp hồ sơ thuế ban đầu chủ yếu được thực hiện qua hình thức điện tử vừa tiện lợi tiết kiệm thời gian vừa đảm bảo tính minh bạch:

1: Nộp hồ sơ khai thuế ban đầu qua online 

Khi nộp hồ sơ kế khai thuế ban đầu bằng phương pháp online bạn cần đăng ký tài khoản thuế điện tử:

Bước 1: Đăng nhập hệ thống Thuế điện tử (eTax) tại: https://thuedientu.gdt.gov.vn 

Bước 2: Chọn mục “Doanh nghiệp” → Đăng nhập bằng mã số thuế và chữ ký số đã đăng ký.

Bước 3: Trên giao diện chính, chọn: “Kê khai” → “Đăng ký thuế” → “Tờ khai đăng ký thuế mẫu 01-ĐK-TCT” → Điền đầy đủ thông tin theo hướng dẫn.

Bước 4: Tải lên các file đính kèm (PDF hoặc ảnh scan)

Bước 5: Ký điện tử bằng chữ ký số và nộp hồ sơ online.

Sau khi nộp, doanh nghiệp sẽ nhận được thông báo tiếp nhận hồ sơ qua hệ thống. Thông thường, cơ quan thuế phản hồi trong vòng 03 ngày làm việc.

2: Nộp hồ sơ trực tiếp tại cơ quan thuế

Dù hiện nay hình thức nộp trực tuyến qua cổng Thuế điện tử được khuyến khích sử dụng, doanh nghiệp vẫn có thể lựa chọn nộp trực tiếp tại Chi cục thuế quản lý trực tiếp, trong các trường hợp sau:

• Doanh nghiệp chưa đăng ký hoặc chưa kích hoạt chữ ký số;

• Không đăng ký sử dụng dịch vụ thuế điện tử;

• Hệ thống gặp sự cố và cần bổ sung hồ sơ giấy theo yêu cầu cơ quan thuế.

Quy trình nộp trực tiếp:

1. Chuẩn bị đầy đủ hồ sơ bản cứng (các bản sao công chứng, bản gốc để đối chiếu nếu cần).

2. Gửi tại bộ phận “Một cửa” của Chi cục Thuế quản lý doanh nghiệp.

3. Nhận giấy biên nhận và theo dõi thông báo phản hồi từ cơ quan thuế.
   

Thời gian xử lý hồ sơ: Từ 1 – 3 ngày làm việc, tùy theo từng địa phương.

Lưu ý quan trọng khi nộp hồ sơ thuế lần đầu:

• Hồ sơ chỉ hợp lệ khi ký điện tử hợp lệ bằng chữ ký số còn hiệu lực

• Không có thời hạn cụ thể cho “hồ sơ kê khai thuế ban đầu”:

• Theo Luật Quản lý thuế hiện hành, không còn quy định về thời hạn nộp hồ sơ kê khai thuế ban đầu cho cơ quan thuế
• Tuy nhiên, bạn cần sớm hoàn tất các thủ tục này để có thể tiến hành kê khai Lệ phí môn bài và các loại thuế khác khi phát sinh, tránh bị phạt  chậm nộp.

• Cần kiểm tra email/tài khoản thuế thường xuyên để nhận thông báo từ cơ quan thuế

• Doanh nghiệp có thể bị xử phạt 2 – 8 triệu đồng nếu chậm nộp hoặc kê khai sai nội dung (căn cứ Nghị định 125/2020/NĐ-CP).

3: Kê khai và nộp thuế lần đầu qua hệ thống điện tử

Sau khi hồ sơ thuế ban đầu được chấp nhận, doanh nghiệp có thể bắt đầu kê khai các loại thuế phát sinh theo tháng hoặc quý.

Hệ thống sử dụng:

• Thuế điện tử (etax): kê khai và nộp tờ khai

• Kho bạc Nhà nước/Tài khoản ngân hàng: nộp tiền thuế trực tuyến

Các bước kê khai cơ bản:

1. Truy cập hệ thống: https://thuedientu.gdt.gov.vn

2. Chọn “Khai thuế” → “Nộp tờ khai ở định dạng XML”

3. Nhập dữ liệu → Ký điện tử → Gửi tờ khai

4. Truy cập mục “Nộp thuế” → “Truy vấn” , chọn khoản thuế cần nộp và thanh toán qua ngân hàng điện tử đã đăng ký.

V: 4 lưu ý quan trọng khi kê khai thuế ban đầu cho doanh nghiệp mới

Kê khai thuế là thủ tục quan trọng, ảnh hưởng đến toàn bộ hoạt động kế toán – tài chính – thuế của doanh nghiệp sau này

• Kê khai đúng thời hạn để tránh bị xử phạt: Theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP, nếu doanh nghiệp chậm nộp hồ sơ khai thuế, chậm kê khai lệ phí môn bài hoặc kê khai sai nội dung, có thể bị xử phạt hành chính như sau:

Doanh nghiệp nên sớm hoàn tất các thủ tục liên quan đến thuế để kịp thời đăng ký phương pháp thuế GTGT và tránh trễ hạn môn bài

• Chọn đúng phương pháp tính thuế giá trị gia tăng ngay từ đầu: Trong hồ sơ kê khai thuế ban đầu, doanh nghiệp cần xác định rõ mình áp dụng phương pháp khấu trừ hay phương pháp trực tiếp. 
• Mặc dù hiện tại doanh nghiệp mới thành lập không cần nộp riêng Mẫu 06/GTGT, nhưng việc xác định phương pháp này là rất quan trọng vì nó ảnh hưởng đến cách bạn kê khai và tính thuế GTGT sau này.
• Không phát sinh hoạt động vẫn cần kê khai đúng hạn: Nếu doanh nghiệp không nộp tờ khai đúng hạn dù không phát sinh hoạt động vẫn sẽ bị xử phạt như kê khai sai hoặc trốn thuế theo Nghị định 125/2020/NĐ-CP
• Luôn trữ đầy đủ hồ sơ và biên nhận điện tử: Đây là những tài liệu quan trọng là căn căn cứ pháp lý trong các đợt kiểm tra, quyết toán thuế sau này.

• Xem thêm: Dịch vụ kế toán – Thuế
• Xem thêm: Dịch vụ hoàn thuế GTGT 

Kê khai thuế ban đầu là thủ tục bắt buộc và cực kỳ quan trọng đối với mọi doanh nghiệp mới thành lập. Việc thực hiện đúng, đủ và đúng hạn không chỉ giúp bạn tránh các khoản phạt không đáng có, mà còn định hình rõ ràng phương pháp kế toán, thuế và hóa đơn ngay từ đầu. Nếu bạn cần giải đáp thêm thông tin hoặc cần tư vấn, liên hệ theo số Hotline 0916.777.915 để được tư vấn chi tiết hoàn toàn miễn phí.

VI: Một số câu hỏi thường gặp khi kê khai thuế  

Câu 1:  Không nộp mẫu 06/GTGT thì có ảnh hưởng gì không?

Không cần. Theo quy định hiện hành (Thông tư 80/2021/TT-BTC):

Doanh nghiệp mới thành lập sẽ tự xác định phương pháp tính thuế GTGT(khấu trừ hoặc trực tiếp) và khai báo ngay trên tờ khai thuế GTGT đầu tiên mà mình nộp cho cơ quan thuế. Điều này có nghĩa là bạn không cần phải nộp riêng Mẫu 06/GTGT như trước đây. 

Lưu ý:

• Việc lựa chọn phương pháp khấu trừ chỉ áp dụng cho doanh nghiệp có doanh thu từ bán hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT trong năm liền kề trước đó đạt hoặc vượt mức 1 tỷ đồng. 
• Đối với doanh nghiệp mới thành lập, nếu muốn áp dụng phương pháp khấu trừ mà không đủ điều kiện doanh thu, bạn có thể tự nguyện đăng ký bằng cách thông báo với cơ quan thuế khi nộp tờ khai GTGT đầu tiên.
• Nếu không đủ điều kiện và không đăng ký tự nguyện, bạn sẽ áp dụng phương pháp trực tiếp.

Câu 2: Có cần nộp hồ sơ thuế ban đầu nếu chỉ là chi nhánh, văn phòng đại diện?

Có. Chi nhánh và văn phòng đại diện cũng phải thực hiện thủ tục kê khai thuế ban đầu, gồm:

• Mẫu đăng ký thuế;
• Thông báo tài khoản ngân hàng;
• Kê khai lệ phí môn bài (trừ một số trường hợp miễn);
• Cam kết không phát sinh hoạt động (nếu không kinh doanh).

Việc kê khai thuế giúp xác định đơn vị phụ thuộc có phải kê khai thuế GTGT/ TNDN/ TNCN riêng hay không, tùy theo hình thức hoạt động.

Câu 3: Nếu chưa có chữ ký số thì có kê khai thuế ban đầu được không?

Không. Kê khai thuế điện tử bắt buộc phải thực hiện qua chữ ký số hợp lệ.
Do đó, doanh nghiệp cần mua chữ ký số và kích hoạt trước khi thực hiện nộp tờ khai thuế lần đầu.

Trong trường hợp chưa có chữ ký số, doanh nghiệp có thể nộp hồ sơ bản cứng trực tiếp tại cơ quan thuế (nếu được chấp nhận).